여권 일각에서는 선거가 끝난 직후 윤 총장을 향한 비판의 날을 세웠다. 더불어민주당의 위성정당인 더불어시민당 우희종 공동대표는 전날 페이스북에 올린 글에서 윤 총장을 겨냥해 “서초동에 모였던 촛불시민은 힘 모아 여의도에서 이제 당신의 거취를 묻고 있다”고 했다.
이어 우 대표는 “표창장 하나로 굳이 여러 대학 압수수색에, 굳이 청문회 시작하는 날 기소하고 결국 문재인 대통령의 검찰개혁 의지에 앞장선 조국 장관 사퇴를 유도했을 때, 그는 씨익 웃었을 것”이라며 “그토록 무소불위의 권력을 지닌 당신, 이제 어찌할 것인가”라고 말했다.
미래통합당은 대변인 명의의 논평을 내고 이를 비판했다. 김성원 통합당 대변인은 “총선이 끝난 지 이틀 만에 여당에서 국민의 뜻을 왜곡하며 무소불위의 권력을 가진 것처럼 생각하는 위험한 발언이 나오고 있다”며 “아무런 국민적 동의도 없이 벌써 검찰 권력, 헌법 권력 등 모든 것을 손아귀에 넣고 좌지우지하겠다는 제왕적 발상에 기가 막힐 따름”이라고 밝혔다.
김용태 통합당 의원 역시 자신의 페이스북에서 “기다렸다는 듯이 윤석열 총장의 목을 베겠다고 나선 당신의 후안무치에는 내 비록 선거에 졌으나 준엄히 경고하는 바이다. 전쟁에 이겼다고 전쟁 전에 저지른 범죄가 다 무죄가 되는가”라며 “나는 국민의 무서운 심판에는 복종하겠으나 당신들의 거짓을 진실로 뒤바꾸는 농간에 대해선 분연히 싸워나갈 것”이라고 말했다.
여권 인사의 발언이 논란이 되자 민주당 지도부는 서둘러 ‘자제령’을 내렸다. 이해찬 민주당 대표는 이날 선대위 해단식에서 “열린우리당의 아픔을 우리는 깊이 반성해야 한다”며 “등원 전까지는 (더불어시민당도) 연합정당의 소속이므로 민주당과 다른 당선자의 입장을 고려해 말씀과 행동에 신중을 기해달라”고 당부했다. 이는 우 대표의 발언을 겨냥한 것으로 풀이된다.
이낙연 민주당 상임선거대책위원장도 선대위 해단식에서 “모든 강물이 바다에 모이는 건 바다가 낮게 있기 때문”이라며 “조금이라도 오만해선 안 된다”고 강조했다.